Desde esta dirección se definen los objetivos, metas y el plan de acción anual para la estructuración y ejecución de los programas o proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia en los territorios PDET. Se proponen, para aprobación del Director General de la Agencia, los lineamientos, parámetros y criterios para la estructuración y ejecución de proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia, atendiendo los 8 pilares de los Programas de Desarrollo con Enfoque Territorial.
Así mismo, se seleccionan aliados y operadores nacionales y territoriales para apoyar el proceso de estructuración y ejecución de proyectos de intervención territorial, a cargo de la Agencia. También se lleva a cabo la articulación con entidades públicas y privadas modelos de operación para la estructuración y ejecución de los proyectos, a través de esquemas de asociación público-privada, concesiones, convenios marco de cofinanciación y contratos con operadores, entre otros.
La Dirección de Estructuración y Ejecución de Proyectos debe proponer, cuando corresponda, a las entidades públicas y privadas los lineamientos para la estructuración y ejecución de los proyectos de reconciliación y desarrollo social, infraestructura y hábitat, desarrollo económico y de ordenamiento territorial y desarrollo sostenible, identificados en los Programas de Desarrollo con Enfoque Territorial y debe incorporar la perspectiva diferencial étnica, cultural, de género, y generacional en la estructuración y ejecución de los proyectos cuando así se requiera.
La Dirección de Estructuración de Proyectos está compuesta por cuatro subdirecciones: